فیلم «لیگ عدالت تاریک» داستان گروهی از قهرمانان ماوراء طبیعی را روایت می‌کند که با هم متحد می‌شوند تا با تهدیدات ماوراء طبیعی و جادویی مقابله کنند؛ تهدیداتی که حتی اعضای اصلی لیگ عدالت نیز قادر به مقابله با آن‌ها نیستند. این گروه شامل شخصیت‌هایی با قدرت‌های جادویی و فراطبیعی است که در سایه، عدالت را به روش خود اجرا می‌کنند و به نبرد با نیروهای تاریک می‌روند.

فیلم دقیقاً پس از اتفاقات Scorpion's Revenge آغاز می‌شود؛ جایی که قهرمانان زمین مورد حمله شائو کان قرار می‌گیرند. ریدن و جنگجویانش مجبور به پذیرش توافقی می‌شوند تا در آخرین مسابقه مرگبار مورتال کامبت شرکت کنند؛ مسابقه‌ای که سرنوشت دنیاها را تعیین خواهد کرد. در حالی که گروه به قلمرو Outworld می‌رود تا از Earthrealm دفاع کند، اسکورپیون به دنبال کامیدوگو، یک شیء اسرارآمیز ساخته‌شده توسط خدایان کهن، می‌رود؛ چیزی که ممکن است برای احیای موجودی افسانه‌ای به نام One Being استفاده شود — موجودی که قادر به نابودی کل هستی است.

چه کسی در برابر مرد پولادین خواهد ایستاد؟ وقتی دنیای سوپرمن با رویدادهای تراژیکی که جوکر شیطانی آغاز می‌کند، نابود می‌شود، او مصمم می‌شود تا به هر قیمتی، صلح را برقرار کند. مرد پولادین سلطه‌ای ستمگرانه را آغاز می‌کند که تنها یک قهرمان می‌تواند جلوی آن را بگیرد: بتمن. لیگ عدالت تجزیه شده و اعضای آن در برابر یکدیگر می‌ایستند. در دنیایی پرآشوب، وفاداری‌ها به چالش کشیده می‌شوند و مرز میان دوست و دشمن محو می‌شود. این انیمیشن بر اساس بازی‌های ویدیویی و رمان گرافیکی تحسین‌شده‌ی "Injustice" ساخته شده و جنگی تمام‌عیار میان بزرگ‌ترین قهرمانان دی‌سی را به تصویر می‌کشد. آیا جهان از این جنگ جان سالم به در خواهد برد؟

قاتلی با نام "هالیدی" (Holiday) همچنان خانوادهٔ جنایت‌کار فالکونه را هدف قرار می‌دهد، در حالی که دسته‌ای جدید از جنایتکاران نقاب‌دار در شهر گاتهام ظهور می‌کنند. بتمن به یکی از متحدان سابقش مشکوک می‌شود که شاید خودِ قاتل سریالی باشد.